Zmagania o Puchar Polski to dla zespołów z niższych lig szansa na pokazanie się szerszej publiczności. Tur Turek dwukrotnie meldował się w 1/16 finału tych istniejących od 1925 roku rozgrywek.
Zielono-żółto-czarni są zespołem, który na szczeblu Wielkopolskiego Związku Piłki Nożnej w Pucharze Polski triumfował w sezonach 2004/05 i 2005/06. Zmagania 2005/06 i 2006/07 to natomiast największe sukcesy turkowskiego klubu na szczeblu centralnym. Ten pierwszy Tur odniósł pod wodzą legendarnego Lesława Ćmikiewicza, a do tego drugiego poprowadził go Adam Topolski.
W rundzie wstępnej Pucharu Polski 2005/06 Tur wyeliminował Polonię Gdańsk, a w pierwszej rundzie pokonał Arkę Gdynia. W obu przypadkach o awansie do kolejnego etapu decydowało jedno spotkanie i za każdym razem miało ono miejsce na stadionie w Turku. W 1/16 finału rywalizacja przybrała natomiast formę dwumeczu, a rywalem trzecioligowych wówczas zielono-żółto-czarnych okazała się pierwszoligowa Polonia Warszawa. Starcie w stolicy Czarne Koszule wygrały 2:0 po trafieniach Grzegorza Króla, więc wydawało się, że mecz w Turku będzie jedynie formalnością. Początkowo nic nie zwiastowało trudnej przeprawy gości, ale z minuty na minutę gospodarze się rozkręcali, a ich poczynania w ofensywie napędzał kapitan Robert Hyży. Tymczasem piłkarze Polonii w ofensywie byli totalnie bezproduktywni. Podopiecznym Lesława Ćmikiewicza niestety nie dopisywało szczęście, w efekcie czego wyszli na prowadzenie dopiero na niespełna kwadrans przed końcem regulaminowego czasu gry po golu Tomasza Żelazowskiego, który wykorzystał dośrodkowanie Mariusza Zasady. Pomimo olbrzymich chęci doprowadzić do wyrównania już się nie udało i choć piłkarze Tura zdecydowanie dominowali nad pierwszoligowcem, to musieli pożegnać się z marzeniami o awansie do kolejnej rundy Pucharu Polski.
Druga przygoda Tura Turek z 1/16 finału Pucharu Polski miała miejsce w sezonie 2006/07 po tym jak zespół pod wodzą Adama Topolskiego w rundzie wstępnej rozprawił się z Promieniem Żary, a w następnej odprawił z kwitkiem KSZO Ostrowiec Świętokrzyski. Oba spotkania odbyły się na stadionie przy ul. Sportowej 3, a tym razem i w kolejnej fazie do rozegrania był tylko jeden mecz. Zielono-żółto-czarni trafili tam na zespół z najwyższej klasy rozgrywkowej, Koronę Kielce, i przegrali 1:3 po hat-tricku Piotra Bagnickiego. Do przerwy jednak goście prowadzili zaledwie 1:0, a krótko po zmianie stron wyrównał Marcin Majewski.